研究人的生命和疾病现象的本质及其规律的自然科学。其所研究的关于人体的健康与疾病的本质及其规律为其他所有应用医学所遵循。                         

内容包括：解剖学和组织学，生理学，病理学，疾病学，微生物学，生化学·营养学，药理学，免疫学，遗传学，神经科学，放射生物学等。这些课程设置在日本的大学里面一般是设置在医学研究科或者是药学研究科里，除了这2个研究科之外，有时也会分布在在理学研究科和理工学研究科的生物学专攻下面。

2. 临床医学（本科6年，硕士2年（可直接跳过申博），博士4年）

3. 社会医学（本科6年，硕士2年，博士3年）

在日本称为齿学，宗旨在培养口腔鄂颜面的外伤、疾病的表现及原因分析，并且进行预防、诊断和治疗的医师。

内容包括：基础齿学和临床齿学。

5. 看护学（本科4年，硕士2年，博士3年）

等同于国内的护理学。

内容包括：基础看护学、成人看护学、老人看护学、儿童看护学、女性看护学、助产学、精神看护学等。

6. 药学（日本药学一般分为2个学科）

（1）药学科（本科4年，硕士2年，博士3年）：侧重于药理和药的效用，在于培养药学研究者。

（2）药科学科（本科6年，博士4年）：侧重于药的理论研究和新药的研发，以培养药剂师为目的。

内容包括：分为基础药学和临床药学。

7. 兽医学（本科6年，博士4年）

8. 生物学（本科4年，硕士2年，博士3年）

研究生命和生命有机体的自然科学，因为与医学高度连结。故又衍生生物医学科学，主要运用生物学及工程技术手段研究和解决生命科学。                    

内容包括：基础生物学(动物学、植物学、人类学、生物物理学)；应用生物学（农业生产学、森林学、畜产学、水产学、食品学、生物材料科学、生物资源经济学、生命工学）。                                                                    

9. 医疗·福祉学（本科4年，硕士2年，博士3年）

内容包括：医疗福祉管理，医疗福祉经营以及临床心理学等。