东京农工大学是一所小规模的单科大学，设有农学和工学两个院系，教员仅三百余人（2021年数据）。东京农工大学还是最早接受中国公费留学生的日本大学，该校于光绪三十年为近代中国培养出第一个公费留日学生。东京农工大学仅设有11个本科专业，每年仅招收数百新生。根据2021QS排名，在象征学术能力的citations per faculty指标，东京农工大学位列日本第三，仅次于东京大学和东京工业大学，排名世界第225。

作为专注科学研究，小而精的日本著名研究型国立大学，东京农工大学在规模极小的情况下却诞生了诸多世界顶尖的科研成果。东京农工大学注重产学研合作，其教员同企业的共同研究人均实施件数排名日本第一，从企业获得的人均科研经费排名日本第五，2011年的知识产权收入排名全日本第一。2021QS世界大学排名中，名列世界第601-650位。

东京农工大学学校排名

2021QS世界大学排名，位列601-650区间。

2020年泰晤士高等教育日本大学排名中位居第18位。

在2019年QS排名中东京农工的农学处在日本前三，世界50强。其工学院的入学难度常年排在日本前十五。

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